中国农业科学院(深圳)农业基因组研究所（简称“基因组所”）是中国农业科学院和深圳市共同举办的科研事业单位，创办于2014年1月29日。基因组所是国内唯一一家专门从事农业基因组学研究的国家级研究所,也是深圳市的仅有的两个国家级研究所之一。

基因组所的创建是顺应国家重大战略需求和科技体制机制创新改革的要求，是为完善中国农业科学院在长江以南的战略布局和中国农业科学院科技创新工程的发展规划而设立的。基因组所主要从事农业基因组学、农业动植物分子育种等领域的科学研究，推动生命科学前沿学科与农业、食品与健康、生态与环境等三大领域的交叉融合，孕育原始创新、颠覆性创新和引领性创新成果，加速生命前沿技术在农业和社会经济发展中的应用。

基因组所入选科技部、中组部等七部委遴选的科技体制改革试点单位，是农业系统唯一一家入选单位，也是深圳市唯一入选单位。成立四年来，基因组所按照“边筹建、边科研、边出成果”的工作模式，汇聚了包括国际高端人才11人，其中美国科学院院士2人、法国科学院院士1人；各类国家级人才22人次，其中国家杰青9人，优青2人、973首席4人、国家“万人计划”6人；省部级人才54人次，其中农业农村部农业科研杰出人才4人、广东省“珠江人才计划”领军人才1人、深圳市孔雀团队2个、深圳市高层次人才12人、深圳市海外高层次人才10人、50位博士后在内的300人的基因组学研究团队；熊国胜研究员和樊伟研究员的成果双双入选科技部评选出的“2014年度中国科学十大进展”；黄三文研究员被中国科协授予“2016年度周光召基金基础科学奖”和“2018年度何梁何利基金科学与技术进步奖(生命科学奖)”；打造了国际领先的“基因组测序和分析 — 功能基因挖掘 — 分子设计育种”的创新平台；主持了154项国家、省市和横向合作项目，总经费超过3亿元；在Science、Nature、Cell、Nature Genetics等知名期刊上发表SCI论文100余篇，申请专利20余项，培育的2个作物品种通过国审6个品种通过省审；启动了“农作物基因大数据的分析与利用”协同创新任务；组建了“国家农业基因组学科技创新联盟”；与先正达种业、广西常乐种业等国内外种业企业成立育种公司或联合实验室，有效实现成果转化；举办了“第二届国际农业基因组学大会”、“第三届国际入侵生物学大会”以及“中欧食品、农业和生物技术合作会议”等国际会议，产生了广泛的国际影响。

继往开来，基因组所将深入贯彻落实十九大精神和习近平总书记在中国农科院建院60周年之际提出的“三个面向，两个一流”重要指示精神，以入选7大部委组织的科技体制改革试点为契机，立足于“基础所、平台所、前沿所、人才所、深圳所”的定位，践行“跃居世界农业科技高端，服务产业重大科技需求”使命，服务于粤港澳大湾区战略部署和深圳市国际科技产业创新中心建设，通过中国农科院南方院士工作站建设、青年英才计划、3M鹏博计划、中国农科院深圳研究生院建设等措施引进和培养高层次人才；大力推进“一核三方八中心八平台”科技创新进程，开展“液滴计划”“优薯计划”“简稻计划”“良猪计划”“E盾计划”5个重大研究计划；建设“国家智慧田园”；建设国家种业产权交易国际中心和全国农业科技成果转移服务中心国际中心；力争用10年左右时间实现“建设世界一流院所、建成国家农科特区、发展深圳生物产业、支撑湾区美好生活”的发展目标。